为了提高性能并更高效地利用磁盘空间，EagleFiler 倾向于将电子邮件存储在邮箱文件中（使用标准的“mbox”格式），并且不允许将邮件从一个邮箱移动到另一个邮箱。因此，最好在将邮件导入 EagleFiler 之前，将它们组织到你想要的邮箱中（并删除你不想保存的邮件）。然而，一旦邮件被导入到 EagleFiler 库中，仍然有一些组织选项可供选择：
- 你可以将多个邮箱合并为一个。例如，如果你每个月都将邮箱 A 导入 EagleFiler，你的库中最终会有很多 A 邮箱，每个邮箱都包含一个月的邮件。通过将所有 A 邮箱合并为一个，你可以减少视觉杂乱，并使 EagleFiler 运行得更高效。
- 你可以将邮件从邮箱拖动到文件夹中。这会从邮箱中删除邮件，并将邮件作为单独的 .eml 文件存储在文件夹中。这不如每个邮箱存储一个文件高效，但它允许更灵活的组织方式。
- 你可以将来自不同邮箱的邮件组织到标签源中。就像 iTunes 中的播放列表一样，每封邮件可以同时属于多个标签源。
- 避免存储重复邮件的最简单方法是在将邮件导入 EagleFiler 后，从你的邮件程序中删除邮件。你也可以从 EagleFiler 邮箱中删除单个邮件，尽管这不会节省磁盘空间；它只会将邮件从视图中隐藏。